Puskesmas Pekuncen terletak di wilayah Kecamatan Pekuncen, yang merupakan salah satu kecamatan yang berbatasan langsung dengan wilayah kabupaten lain yaitu Kabupaten Brebes. Kecamatan Pekuncen memiliki luas wilayah kurang lebih 9.27 Km2. Kecamatan Pekuncen terdiri dari 16 desa yaitu: D